氣相色譜中，毛細管AgilentHP-5毛細管柱被污染是很普遍的問題，不幸的是，它和各種各樣常見的故障相似，常常被錯誤的判斷為其它的故障，雖然被污染了的AgilentHP-5毛細管柱并沒有損壞，但已失去效能。通常有兩種基本類型的污染物，不揮發性污染物和半揮發性污染物。不揮發性污染殘留物不能從AgilentHP-5毛細管柱里洗脫出來，而是累計在AgilentHP-5毛細管柱里，這樣它就成為涂漬了殘留物的AgilentHP-5毛細管柱，因而影響溶質的分配。而且殘留物還會和活性化合物相互作用，甚至造成峰的拖尾，減少峰面積。